相比传统蛋白质组学的显著优点

        1.  灵敏度极高，样品量需求更小，每个样品只需要10-20ug蛋白即可，血浆低至10ul。凭借全新的 TIMS 装置和新优化的 ddaPASEF 方法，timsTOF Pro 2 单针能够达到前所未有的蛋白质组学覆盖深度。细胞样品在60分钟梯度下能够鉴定超过7,000 种蛋白质和超过 60,000 条多肽。因 此TimsTOF Pro 2 可以无需借助谱图库，仅通过数据库搜索和运行之间的匹配（MBR），即可在蛋白组定量实验中实现很高的蛋白覆盖深度。

        2.  通量更高，重复性更好相比传统iTRAQ/TMT标记定量蛋白质组学，样品数量无上限限制，更加适合大队列样品比较分析。4D-DIA技术可显著提升蛋白质组学检测深度，该技术在200ngHeLa裂解液的120分钟单针实验中，可以鉴定超过7500种蛋白质，并且三次实验的共同定量了6974个蛋白，数据完整性高达96%；而相比之下，在传统的DIA技术中，通常需要ug级的样品才能检测约5000左右的蛋白。

        3.  定量准确性更高，能与western blot结果高度吻合，是高通量的蛋白质定量检测技术。连续进样96针，R2>0.95，CV<5%，定量范围超过3个数量级。

        4.  特别适合磷酸化等翻译后修饰蛋白质组学研究，为激酶信号转导研究提供强大研究手段。dia-PASEF 在 timsTOF Pro 2 上的高灵敏度、扫描速度和重现性可以实现低样本量的磷酸化蛋白质组学分析。对于一些质量接近甚至相同（如翻译后修饰位置异构的肽段）的磷酸化肽，如果没有 CCS 值的测定，传统蛋白质组学是不能实现磷酸化肽异构体的准确鉴定和定量分析。使用 TiO2 对 150 ug 蛋白进行磷酸化富集，采用PASEF 技术能够鉴定 上万个磷酸化肽，展现了淌度辅助质量对齐 (MOMA) 的优势。1946 条鉴定的共洗脱异构体中，20% 的异构体可以被 TIMS 完全分离，这使得我们可以更好地理解蛋白磷酸化准确位点信息。

Bruker  Tims TOF Pro2