修饰蛋白质组学
技术介绍
蛋白质翻译后修饰（PTMs）通常指蛋白质在合成过程中或合成之后由酶促反应的共价修饰，在特定的氨基酸偶联反应上不同的化学基团，目前约有350多种PTMs类型，研究最广泛的有磷酸化、糖基化，甲基化、泛素化和各种酰基化等。蛋白质存在各种的修饰类型大大丰富了蛋白质的多样性，蛋白功能也变得更加强大多样，蛋白质翻译后修饰可精细调控细胞和分子的各种功能，如细胞分裂、生长、分化、信号传导，代谢等各个方面。利用高分辨质谱鉴定PTM修饰类型和修饰位点氨基酸，已经成为一个强大的主流手段。由于发生修饰变化的蛋白质相对于未修饰的蛋白质含量相对较小，因此，在分析时候，比蛋白鉴定需要更多的蛋白样品总量，目的蛋白需要考染清晰可见的条带；而对于修饰蛋白质组研究，则需要在蛋白质酶切后，进行修饰肽段富集的额外步骤，再进行LC-MS/MS分析。
图 1 修饰类型与分子功能
Figure 1 Modification Types and Molecular Functions
表 1 修饰氨基酸与类型及分子功能关系
Table 1 Relationship between Modified Amino Acids and Types and Molecular Functions
图 2 LC-MS/MS分析蛋白质修饰流程
Figure 2 LC-MS/MS Analysis of Protein Modification Process
分析仪器
Q-Exactive plus nano-ESI LCMS/MS Thermo Fusion nano-ESI LCMS/MS
应用范围
大于12例样品数量的大队列比较。各种细胞，亚细胞器，组织、体液（血液，尿液，唾液）发现蛋白质组研究。
样品要求
样品类型 | 样品要求（每组） |
蛋白质纯样品溶液 | 目的蛋白量>1ug，目的蛋白需定性鉴定前10名，蛋白覆盖度大于80%. |
目的蛋白条带 | 考染清晰可见 |
磷酸化蛋白质组 | 植物、细菌总重量>10mg |
动物组织>100mg |
细胞>107个，血清>300ul |
糖基化蛋白质组 | 植物、细菌总重量>10mg |
动物组织>100mg |
细胞>107个，血清>300ul |
1. 告知溶液成分，如SDS、NP40、Triton、缓冲盐等，SDS含量<1% |
2. 干冰运输； |
交付内容
1）. 质谱原始文件； 2）. 质量峰图（每个样品2张）； 3). 实验方法与结果报告
参考文献
1. Su W, Wu S, Yang Y, et al. Phosphorylation of 17β-hydroxysteroid dehydrogenase 13 at serine 33 attenuates nonalcoholic fatty liver disease in mice. Nat Commun. 2022;13(1):6577.（客户文章）
2. Li SM, Liu WT, Yang F, Yi QJ, Zhang S, Jia HL. Phosphorylated proteomics analysis of human coronary artery endothelial cells stimulated by Kawasaki disease patients serum. BMC Cardiovasc Disord. 2019;19(1):21（客户文章）