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蛋白质组学



DIA 非标记定量蛋白质组学

技术介绍


DIA(Data Independent Acquistion)，数据非依赖采集是一种相对于DDA(Data Dependent Acquistion)数据依赖采集的一种新的二级质谱非靶向扫描模式，在DDA模式下，先采集一张一级质谱，然后在一级质谱中根据一定选择标准，挑选出前几位的前体离子，依次进行二级质谱扫描，得到的二级图谱为来源于对应的一个前体离子的所有子离子信息。在DIA模式下，首先扫描一张高分辨一级质谱图，然后将一级质谱的所有前体离子从低质量数到高质量数划分成若干可变窗口（比如从400-1200Da），依次将每个规划好的窗口内的所有前体离子送入碰撞室碎裂，再进行高分辨扫描产生的所有子离子,得到的二级质谱是来源于这一质量窗口内前体离子的所有子离子的混合图谱，再经过软件解析可以归属定性各个子离子与前体离子的关系，使用DIA数据相比传统的DDA采集有两个方面优势：

（1）各样品的肽段/蛋白质定量是基于多个子离子来定量的，因此定量准确性好；

（2）DIA数据采集是不基于一级质谱信号来进行二级图谱采集的，不丢失信息，定量缺失值更少。

相对于iTRAQ/TMT标记定量受限于最多16-20个标记试剂，实验设计样品数需需小于标记试剂数量，多组多次定量组之间不好比较。而DIA定量不受样品数量组限制，定量准确性好，特别适合大队列样品的蛋白质组筛选研究。


不同二级质谱扫描模式比较图：

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实验流程：

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分析仪器
Q-Exactive plus nano-ESI LCMS/MS                                                                                     Thermo Fusion nano-ESI LCMS/MS

 图片.png

应用范围
     大于12例样品数量的大队列比较。各种细胞，亚细胞器，组织、体液（血液，尿液，唾液）发现蛋白质组研究。
样品要求

   1）.有蛋白组或者转录组测序后注释的蛋白质组数据库（只需提供拉丁物种名，公司下载）

   2）.样品要求信息如下表


样品类型

样品要求（每组）

  蛋白质溶液

    浓度>0.5ug/ul，蛋白总量>100ug

 动物细胞样品

    细胞量>106

 细菌等微生物

    细菌总重量>10mg

 植物组织样品

    新鲜组织>100mg

 动物组织样品

    新鲜组织>5mg

   血清

    200 uL

   唾液

    300 uL

   尿液

    1 mL

1. 告知溶液内成分，如SDS、NP40、Triton、缓冲盐等，SDS含量<1%。

2. 干冰运输；

交付内容
      1）.质谱原始文件；      2）.质量峰图（每个样品2张）；      3).实验方法与结果报告
参考文献



1. Yan Y, Wang Y, Wang J, et al. Upregulation of TDRD1 Promotes the Sexual Maturation in Allotetraploids Hybridized from Red Crucian Carp (Carassius auratus Red var) (♀) and Common Carp (Cyprinus carpio L) (♂). J Proteome Res. 2020;19(6):2337-2345.（客户文章）

2. Chen L, Wang L, Luo Y, et al. Integrated Proteotranscriptomics of Human Myometrium in Labor Landscape Reveals the Increased Molecular Associated With Inflammation Under Hypoxia Stress. Front Immunol. 2021;12:722816.（客户文章）